Depois de promulgar a Constituição de 1891 o Congresso Constituinte foi transformado em Congresso Nacional, isto é, em poder legislativo regular, com poder de propor e votar as leis do país. Coube a esse órgão eleger os primeiros presidente e vice-presidente da República.
Os cafeicultores apresentaram o fazendeiro prudente de Morais e o Marechal Floriano peixoto como vice. Os militares apresentaram Deodoro da Fonseca e o almirante Eduardo Wandenkolk para vice. Deodoro ganho com uma diferença de 32 votos e Floriano Peixoto foi eleito com uma diferença de 96 votos.
Apesar de Deodoro ter ganho as eleições não tinha apoio político para governar. Sofria oposição dos cafeicultores, que possuíam grande representação no Congresso nacional, e o acusavam de autoritário e reponsável pelo desastre econômico do encilhamento. Pensando que ainda estava no comando das tropas em 03 de novembro de 1891 fechou o Congresso e prendeu seus principais opositores, ato que desrespeitava gravemente a Constituição.
Em protesto ao autoritarismo do presidente os operários da estrada de ferro Central do Brasilentraram em greve, membros da marinha ligados ao jacobinismo e liderados pelo almirante Custódio José de Melo ameaçaram bombardear o Rio de janeiro com navios ancorados na baía de Guanabara (Primeira Revolta da Armada). Diante dessa situação Deodoro renunciou em 23 de novembro de 1891 e o vice Floriano peixo passou a governar em seu lugar apoiado pelos cafeicultores de São Paulo e seteros influentes das forças armadas. Suas priemiras medidas foram a reabertura do Congresso e a mudança dos presidentes de estado (governadores estaduais).
Floriano também sofreu oposição daqueles que alegavam que ele não havia sido eleito pelo povo e nem para presidente, apenas para vice, e por isso nova eleições deveríam ser convocadas, porém ele permaneceu firme no cargo até o final do mandato. Devido a sua maneira firme de lidar com os opositores, Marechal Floriano passou a ser conhecido como o Marechal de Ferro. No entanto teve que enfrentar a Segunda Revolta da Armada e a Revolução Federalista.
Em setembro de 1893, Custódio de Melo com 15 navios ancorados na baía de guanabara ameaçaram bombardear a capital caso não fossem convocadas novas eleições. Os canhões ficaram apontados para a capital federal até março do ano seguinte. Floriano apoiado pelos cafeicultores de São Paulo (Partido Republicano Paulista) e com o auxílio de tropas do éxercito conseguiu dominar os revoltosos pondo fim a Segunda Revolta da Armada.
Tendo como principal motivo a disputa entre o Partido Republicano Gaúcho, do presidente do Estado, Júlio de Castilho e o partido de oposição, Partido Federalista. Ocorreu no Rio Grande do Sul a partir do início de 1893 a Revolução Federalista. Os Republicanos defendiam o sistema presidencialista a apoiavam Floriano Peixoto, já os federalistas, liderados por Gaspar Silveira Martins, queriam um governo parlamentaria e a revogação da Constituição Estadual Gaúcha.
Os federalistas uniram-se à Revolta da Armada no Rio de Janeiro e ameaçaram invadir São Paulo, onde a elite cafeicultora apoiava o governo central. Chegaram a invadir o Paraná, mas foram derrotados pelas tropas do governo. A revolta só terminou em meados de 1895 já no Governo do presidente Prudente de Morais, eleito em 1894. Apesar de acordos que anistiram os revoltosos, nenhuma de suas reivindicações foi atendida.
Os governos de Deodoro E Floriano Peixoto foi um período de transição entre a monarquia e a república e os embates se deram entre aqueles que queriam um governo federal forte e centralizado com o apoio dos militares e os que queriam descentralização e maior autonomia para os estados.